Mitra kerja Yayasan BUMI adalah pemerintahan, lembaga kerja sama internasional, lembaga pendidikan tinggi, dan kelompok masyarakat. Dalam tahun 2014-2016, Yayasan BUMI telah bekerja sama dengan: Dewan Daerah Perubahan Iklim Kalimantan Timur Yayasan BIOMA OPML/MFP3 The Asia Foundation Fakultas Kehutanan Universitas Mulawarman Politeknik Pertanian Negeri Samarinda
